Село Домодедово получило свое название, по одной версии, по фамилии боярина, а по другой – село было местом жительства мастеров «домоделов», откуда и возникло название.
Многие годы существовала Домодедовская волость Подольского уезда, до введения нового административного районирования.
Селу Домодедово в 2001 году исполнилось 600 лет. Расположенное в устье реки Рожайи, недалеко от ее впадения в реку Пахру, село Домодедово занимало являлось центром большого населённого района, многие сёла и деревни географически были равноудалены от села Домодедово. В результате село Домодедово стало административно-хозяйственным центром и оставалось им на протяжении пяти столетий.
Из многих десятков церквей, имевшихся в сёлах Домодедовского района, церковные службы не прерывались только в трёх церквях, включая Никольскую церковь села Домодедово.
Впервые село Домодедово упомянуто в духовной грамоте князя Владимира Андреевича Серпуховского в 1401 году, в которой князь завещал село «Домодедово со всеми луги» своей супруге княгине Елене Ольгердовне. В 1433 году княгиня Елена Ольгердовна, ставшая вдовой, уходит в монастырь (инокиней Евпраксией) и «дарит село Домодедово своей снохе Ульяне», жене сына Василия.
В семнадцатом веке село Домодедово, как село дворцовое, находилось во владении Романовых. До 1654 года оно являлось вотчиной Никиты Ивановича Романова, двоюродного дяди царя Алексея Михайловича. После его смерти в 1654 году село Домодедово перешло во владение царя Алексея Михайловича.
В начале XVII столетия село Домодедово располагалось по обе стороны речки Рожайки. Оно относилось к дворцовому ведомству. Перед 1646 годом в селе значится деревяннные Церкви Рождества Христова и Николая Чудотворца. В 1646 г. в селе числилось 4 двора церковных на церковной земле и 56 дворов крестьянских.
Деревянная церковь в селе Домодедово построена в 1658 году. В начале восемнадцатого века она уже обветшала и требовала ремонта.
В 1710-1722 годах церковь Св. Николая Чудотворца была деревянной.
Клир церкви составляли священники: Данила Федоров (год не известен); Федор Данилов (1646-1663 гг.); Григорий Данилов (1663-1680 гг.); Дмитрий Семенов (1691 г.); Петр Григорьев (1710 г.); Федор Петров (1722 г.); диаконы: Григорий Данилов (1691 г.); Василий Федоров (1668 г.); Федор Константинов (1710 г.); Семен Федотов (1722 г.); пономари: Иван Митрофанов (1646 г.); Гавриил Назаров (1663 г.); Михаил Митрофанов (1704-1722 гг.).
По переписи 1709 года в селе Домодедово насчитывалось 49 крестьянских дворов и 194 жителя мужского пола. Около церкви стояло 4 двора церковнослужителей. В селе находилась богадельня, в которой жили бедные и одинокие люди.
С 1710 года село Домодедово по царскому указу Петра I принадлежало князю Александру Даниловичу Меншикову. В 1728 году село у Меншикова было отписано и причислено снова к дворцовому ведомству.
По указу императрицы Анны Иоанновны в конце 1731 года «велено в селе Домодедово церковь строить».
В указе генералу и обер-гофмейстеру С.А. Салтыкову 12 июня 1732 г императрица писала о необходимости выдать на строение Домодедовской церкви Даниле Янкову из наличных денег 1000 рублей, записав в расход с распискою.
Указом императрицы было приказано выслать в Москву сто подвод для перевозки материалов и припасов к строительству церкви. Из Москвы в Домодедово было доставлено 200 еловых бревен, 152 пуда железа, металлические решетки на окна. На стройку церкви поставляли белый камень крестьяне Старо-Фроловского Яма и деревень Киселихи и Новленской. На строительство церкви из Москвы прибыли 45 каменщиков и 50 «работных» людей.
За ходом строительства. церкви в селе Домодедово следили С.А. Салтыков и архимандрит Троице-Сергиевого монастыря Варлаам. Императрица также следила за строительством церкви Святителя Николая Чудотворца. В августе 1732 года она послала в Домодедово поручика Преображенского полка И. Зиновьева для составления отчёта.
На строительство церкви было затрачено более 5 тысяч рублей.
3 октября 1732 года С.А. Салтыкову доложили, что главы церкви села Домодедово покрыты белым железом, а кресты позолочены. Императрица утвердила чертежи иконостаса и приказала изготовить макет церкви и выслать его в Санкт-Петербург.
Осмотрев макет церкви, императрица осталась довольна, но повелела колокольню перестроить. По указанию архимандрита Варлаама колокольню разобрали и построили новую – более высокую и со шпилем.
В связи с тем, что строительство каменной церкви в селе Домодедово затягивалось, параллельно был произведен ремонт в старой деревянной церкви, где продолжались богослужения.
Новопостроенная церковь Святителя Николая Чудотворца была готова к церковной службе в 1738 году. Сооружался храм в течение семи лет, с 1731 по 1738 год, по заказу Дворцового ведомства. Однако освящен он был только 7 марта 1746 года. Новопостроенная церковь более века простояла без переделок. Накануне Отечественной войны 1812 года была обновлена крыша.
Село Домодедово в середине семнадцатого века имело 56 крестьянских дворов, по тем временам, это было крупное поселение. Для сравнения можно отметить, что в селе Никитское в 1646 г. было 47 крестьянских дворов, а в селе Битягово в том же году было всего 12 крестьянских дворов. К началу восемнадцатого века в селе Домодедово осталось 49 дворов. В 1852 году в селе было 93 двора, в них проживали 821 человек: 410 мужчин и 411 женщин.
В 1995 году в селе Домодедово насчитывалось 148 домов с числом жителей 287 человек.
В приходе церкви Святителя Николая Чудотворца в начале восемнадцатого века состояли деревни: Большое и Малое Брянцево, Ворыпаево, Макарово, Минкино, Подзавалье, Услонь, Ушмары и Яковлево.
В тридцатые годы девятнадцатого века церковь стала разрушаться: появились трещины, стал выпадать камень, наклонилась колокольня. В 1837 году было испрошено разрешение на перестройку церкви. Были разобраны и возведены заново колокольня и трапезная. Волостной сход выделил на перестройку церкви 5 тысяч рублей, а казна выделила средства на окончание строительства.
Правый придел храма посвящен Рождеству Христову, левый – святителям Московским: Петру Алексею, Ионе, Филиппу и Ермогену.
В послевоенное время в течение 34 лет (1960-1994 год) настоятелем в церкви Святителя Николая Чудотворца являлся протоиерей Анатолий Семкин (1926-1994). Отец Анатолий в 195З году закончил Саратовскую духовную семинарию и с 1953 по 1960 г. служил в Кашире, Озерах, Воскресенском районе, а с 1960 г. – в с. Домодедово.
С 1997 года в церкви села Домодедово настоятелем назначен священник Сергей Лопухов.
Богослужения совершаются по праздничным и воскресным дням.